长期以来，我国保税区和港口建设实行两条线的发展体制，逐步形成了“二元化”的发展结构。兴办保税区，是我国实施全方位、多层次、有重点的对外开放战略的一项重要举措，是中国经济走向国际市场、利用“两个市场”和“两种资源”、参与国际市场竞争的重要通道，是率先实行与国际惯例接轨的社会主义市场经济的试验区。但在全球经济一体化的新形势下，对保税区和港口传统的相对单一的功能提出了更高的要求。目前，保税区和港区在分别实际运作中，都遇到困扰它们进一步发展的难题，就是规模小、功能单一、综合化服务能力不够，要突破这种发展瓶颈，必须要与国际通行惯例接轨。
在这种形势下，大规模、多功能、综合性的集成化的经济区是历史发展的必然趋势。国家设立保税区的目的，是为了进一步扩大对外开放，促进货物流通，服务对外贸易，加强国际经济合作，使之成为开放型经济新的增长点。从国外发达国家的经验，自由贸易区综合性的功能是保税区未来发展的趋势。据不完全统计，目前全球已有1200多个自由贸易区，其中15个发达国家设立了425个，占35.4%；67个发展中国家共设立了775个，占65.6%。自由贸易区的功能也在不断扩展，原料、零部件、半成品和成品都可在区内自由进出，在区内可以进行进出口贸易、转口贸易、保税仓储、商品展销、制造、拆装、改装、加标签、分类、与其它货物混合加工等商业活动。目前自由贸易区仍有数量上持续增长、影响进一步扩展、功能趋向综合和管理不断加强的发展趋势。另一方面，现代港口的发展，已由单纯的“运输、装卸”的节点向“提供分拨、增值服务、信息服务”等物流功能的综合物流节点方向发展。
因此，自由港（全称就是“贸易自由港”），作为自由贸易区的主要形式，集成了保税区和港口的功能，是我国未来保税区和港口一体化的基本形式。目前，我国正在实施的港区联动的试点实质上就是自由港的一种模式，也是实现自由港功能的一种途径。